استفاده از فیلترهای هپا یکی از پر طرفدارترین و موثرترین روش های تصفیه هوااست. هپا مخفف عبارت High Efficiency Particulate Air به معنای حذف ذرات معلق هوا با راندمان بالا است. سیستم هایی که مجهز به این فیلتر ها هستند قادر به جذب ۹۹.۹۹% از ذرات معلق با اندازه بزرگتر از ۰.۳ میکرون می باشند. فیلتر های هپا برای ممانعت از عبور ذرات ۰.۳ میکرون به بالا با کاربرد در اتاق تمیز طراحی و تولید می گردد.این گونه فیلترها در صنایعی مانند: کارخانجات دارویی، بایو تکنولوژی، هوا فضا، بیمارستانها و غیره استفاده می شود.این فیلترها دارای سطح فیلترکننده وسیعی بوده و کاغذ میکروفایبر گلاس مصرفی در آن دارای چین هایی با عمق کم بوده و چین ها توسط فویل آلومینیوم از یکدیگر جدا می شوند تا امکان عبور هوا از فیلتر را به راحتی ایجاد نماید .تعیین سطح چین خوردگی فیلتر متناسب با فضای مورد نیاز برای فیلتراسیون فاکتور مهمی برای بازده مناسب فیلتر هپا است. برای عمر طولانی تر این نوع فیلترها توصیه می شود که هوا پیش از ورود به این فیلترها از پیش فیلترها عبور کند.فیلترهای هپا عموماً پس از پیش فیلترهایی که برای افزایش عمر مفید آنها مورد استفاده می باشند تعبیه می گردند.